作為染料必須具備兩個條件：一是具有顏色，二是與被染組織有親和力，即染料必須具有發(fā)色基團與助色基團。其中發(fā)色基團能使染料顯示顏色，而助色基團則使染料與被染組織間產生親和力，它們共同決定了染料的染色性質。

    酸性或堿性染料的界定并非由染料溶液的pH決定，而是由染料中的助色基團在水中電離后所帶的電荷決定的，即堿性染料的pH不一定大于7。

    一般來說，助色基團帶正電荷（陽離子）的染料為堿性染料，反之則為酸性染料。例如,染料化合物中由硝基(-NO2)、偶氮基（-N=N-）、乙烯基等形成了發(fā)色基團；而由-OH、-SO3H、-COOH等酸性基團及-NH2、-NHCH3、-N(CH3)2等堿性基團構成了助色基團。它們的存在使染料物質離子化，極性增強，促進染料與被染組織間發(fā)生作用，產生染色效果。

    堿性染料一般不溶于水和酒精。通常能電離出無色的陰離子（助色基團）和有色的陽離子（發(fā)色基團），如龍膽紫、亞甲基藍、美藍等。有色的陽離子，可以與細胞中的帶負電荷部分牢固地結合。例如，細胞核中的染色質（體）內含有脫氧核糖核酸，屬酸性物質，可電離出H+，而使自身帶負電荷，所以它能與堿性染料電離出的有色陽離子，通過電荷間的引力作用牢固地結合，從而被染上顏色。

    酸性染料一般能溶于水和酒精。通常能電離出一些無色的陽離子（助色基團）和有色的陰離子（發(fā)色基團），如伊紅、苦味酸等。有色的陰離子，可以與細胞中帶正電荷的部分牢固地結合。細胞質中某些物質常帶正電荷，所以可與酸性染料中的有色陰離子牢固地結合而被染上顏色。

    生物染料的染色作用還與溶液pH的變動有關。例如，蛋白質含有氨基和羧基，在酸性溶液中，當溶液的pH小于該蛋白質的等電點時，則蛋白質帶正電荷，易被酸性染料染色；在堿性溶液中，當溶液的pH大于該蛋白質的等電點時，則蛋白質帶負電荷，容易被堿性染料染色。